1. в запросе динамического списка создаем что типа этого
<code>
ВЫБОР
    КОГДА ВашаСсылка В (&СписокОтбора)
            ТОГДА ИСТИНА
        ИНАЧЕ ЛОЖЬ
    КОНЕЦ КАК Флажок
</code>

2. - добавляем реквизит формы СписокОтбора (СписокЗначений или Массив), куда будем заносить отмеченные ссылки
- в модуле формы добавляем процедуру обработчик "Выбор", например

<code>
&НаКлиенте
Процедура СписокВыбор(Элемент, ВыбраннаяСтрока, Поле, СтандартнаяОбработка)
    Если Поле.Имя = "Флажок" Тогда
        СтандартнаяОбработка = Ложь;
        Если НЕ Элемент.ТекущиеДанные.Флажок Тогда
            Если СписокОтбора.НайтиПоЗначению(ВыбраннаяСтрока) = Неопределено Тогда СписокОтбора.Добавить(ВыбраннаяСтрока) КонецЕсли;
        Иначе
            СписокОтбора.Удалить(СписокОтбора.НайтиПоЗначению(ВыбраннаяСтрока));
        КонецЕсли;
        Список.Параметры.УстановитьЗначениеПараметра("СписокОтбора", ЭтаФорма.СписокОтбора); 
        Элементы.Список.Обновить();
    КонецЕсли;
КонецПроцедуры
</code>


3. На форме при создании на сервере устанавливаем в качестве параметра наш реквизит с список
<code>
Список.Параметры.УстановитьЗначениеПараметра("СписокОтбора", ЭтаФорма.СписокОтбора); 
</code>


PS. Не забываем очищать наш СписокОтбора при применении отборов к Динамическому и списку, после очистки СпискаОтбора необходимо снова вставлять код
  <code>
  Список.Параметры.УстановитьЗначениеПараметра("СписокОтбора", ЭтаФорма.СписокОтбора); 
  Элементы.Список.Обновить();
  </code>